商洛学院始终坚持“科研强校”战略，高度重视科研工作，在制度建设、项目建设、成果应用转化、科研平台打造、服务地方社会等方面主动作为、着力提升、不懈进取，充分实践了“自强不息 止于至善”的大学精神。

学校建成陕西省科协院士专家工作站2个（赵鹏大院士工作站、张生勇院士工作站），生物学学科进入陕西省优势学科，建成全国唯一的省级尾矿资源综合利用重点实验室等18个省级研究平台、22个市级科研平台、10个校外博士工作站、3个农作物技术示范推广实验站，拥有全国冶金矿产固废资源化匠心团队1个、陕西省科技创新团队1个、陕西高校青年科技创新团队6个，市级科研创新团队10个，建有“秦岭植物标本陈列室”“秦岭矿产资源陈列室”“商洛红色文化资料馆”3个大型科普展室，建成2个省级科普教育基地，3个市级科普基地；与浙江万里学院、西安工业大学、西安体育学院、曲阜师范大学、西北大学、西安科技大学等6所高校签订了联合培养硕士研究生协议，获得研究生联合培养示范工作站1个（与西北大学联合申报）。

学校始终鼓励广大教师科研人员围绕区域经济社会发展开展科学研究、科技咨询、科技服务与成果推广，在全省高校中率先设立了“服务地方专项科研计划”；建立了陕西省尾矿资源数据库和标本陈列室，建成全省首个中草药标准化生产气象灾害监测预警系统；以“商麦5226”为代表的系列小麦新品种累计推广540余万亩，累计增加农户收入3亿多元。

学校围绕“南水北调”中线工程、商洛市移民区规划、秦岭生态及旅游建设等地方重大问题积极开展专题研究，向有关部门提交了以南水北调（中线）商洛水资源补偿模型、丹江流域水土流失修复模式为代表的多种科学规划方案和近百篇高质量研究咨询报告，为地方政府决策提供了诸多切实可行的理论及实践依据，受到市委、市政府和有关部门的高度重视，为地方经济社会文化发展带来了良好效益。

2006年升本以来，学校共出版学术著作、教材等130余部，被SCI、EI、CSSCI等核心期刊检索收录论文300余篇，授权专利195件、软件著作权160项，审定植物新品种2个；学校共获批国家自然科学基金项目、国家社科基金项目和国家科技推广项目、教育部人文社科项目25项，省部级重大、攻关项目60余项，获市厅级及以上级别各类科技奖励300余项,科普类作品获省级奖项15项。

《商洛学院学报》学术影响不断扩大，两次被评为全国高校优秀社科学报，进入武汉大学RCCSE核心期刊扩展目录和国家新闻出版广电总署首批学术期刊认定目录。